Thủ tục xuất khẩu sang Nhật Bản: hướng dẫn đầy đủ cho doanh nghiệp Việt

Nhật Bản là một trong những thị trường xuất khẩu trọng điểm của Việt Nam — nhập khẩu hàng năm trên 80 tỷ USD, tiêu dùng ổn định, và đặc biệt ưa chuộng hàng nông sản, thủy sản, dệt may, thủ công mỹ nghệ từ Việt Nam. Tuy nhiên, Nhật cũng là thị trường có yêu cầu kiểm soát chất lượng nghiêm ngặt bậc nhất thế giới. Doanh nghiệp nào chuẩn bị hồ sơ đầy đủ, chọn đúng FTA, và nắm rõ quy trình hải quan sẽ có lợi thế cạnh tranh rõ rệt. Hướng dẫn này tổng hợp toàn bộ thông tin cần thiết — từ phân loại hàng hóa, mã HS, C/O, đến checklist thực tế — để doanh nghiệp Việt xuất khẩu sang Nhật Bản một cách chủ động và hiệu quả.

Phân loại hàng hóa: biết hàng của mình thuộc nhóm nào

Trước khi làm bất kỳ thủ tục nào, doanh nghiệp cần xác định hàng hóa của mình thuộc nhóm nào theo quy định Nhật Bản. Nhật phân loại thành ba nhóm chính:

Nhóm 1 — Cấm hoàn toàn:

Ma túy, chất gây nghiện
Vũ khí, chất nổ
Tiền giả, tài liệu giả mạo
Hàng hóa vi phạm sở hữu trí tuệ (hàng nhái, hàng giả nhãn hiệu)

Đây là nhóm không có ngoại lệ. Hàng bị phát hiện vi phạm sẽ bị tịch thu và có thể dẫn đến truy tố hình sự.

Nhóm 2 — Cần giấy phép nhập khẩu:

Hóa chất, dược phẩm, thuốc trừ sâu
Động vật hoang dã và các sản phẩm liên quan (theo Công ước CITES)
Phân bón, đường (hạn ngạch nhập khẩu)

DN cần xác nhận từ nhà nhập khẩu Nhật rằng họ đã có giấy phép nhập khẩu tương ứng trước khi xuất hàng.

Nhóm 3 — Cần chứng nhận chuyên ngành:

Thực phẩm, đồ uống: tuân thủ Food Sanitation Act (Luật vệ sinh thực phẩm Nhật)
Thực vật, nông sản tươi: tuân thủ Plant Protection Law (kiểm dịch thực vật)

Lưu ý quan trọng: Hàng thực phẩm và nông sản Việt Nam bắt buộc phải có chứng nhận kiểm dịch do cơ quan có thẩm quyền Việt Nam cấp trước khi xuất khẩu. Thiếu chứng từ này, hàng sẽ bị từ chối ngay tại cảng Nhật Bản — không có ngoại lệ, không thể bổ sung sau.

Xem thêm danh mục hàng kiểm soát chi tiết tại bài quy định hàng cấm gửi đi Nhật theo MHLW.

Mã HS xuất khẩu sang Nhật: không dùng mã Việt Nam

Đây là điểm mà nhiều doanh nghiệp nhỏ mắc phải. Mã HS Nhật Bản dùng 9 chữ số, trong khi Việt Nam dùng hệ thống AHTN 8 chữ số. Hai hệ thống này tương đồng đến chữ số thứ 6, nhưng bắt đầu khác nhau từ chữ số thứ 7 trở đi.

Sử dụng mã HS Việt Nam để khai báo tại hải quan Nhật là sai — có thể dẫn đến phân loại sai hàng hóa, tính thuế sai, hoặc bị giữ hàng.

Cách tra mã HS Nhật:

Tra cứu chính thức tại: biểu thuế hải quan Nhật Bản
Nếu hàng hóa có tính chất đặc biệt hoặc khó phân loại, DN có thể xin Advance Ruling (phân loại trước) từ Japan Customs — văn bản trả lời chính thức, có giá trị pháp lý, giúp tránh tranh chấp sau khi hàng đến cảng.

Thuế nhập khẩu và các loại phí bổ sung

Thuế nhập khẩu tại Nhật do nhà nhập khẩu Nhật nộp, nhưng doanh nghiệp xuất khẩu Việt cần hiểu cấu trúc thuế để thương lượng giá và lựa chọn FTA phù hợp.

Các loại thuế áp dụng

Loại thuế	Thuế suất	Phạm vi áp dụng
Thuế nhập khẩu (MFN/FTA)	Tùy mã HS và FTA	Tất cả hàng nhập khẩu
Consumption tax (thuế tiêu dùng)	10% (8% với thực phẩm)	Hầu hết hàng nhập khẩu
Excise tax (thuế tiêu thụ đặc biệt)	Theo từng mặt hàng	Rượu, thuốc lá, xăng dầu
Anti-dumping duty	Theo vụ việc	Khi Nhật điều tra bán phá giá

Cách tính consumption tax: Áp dụng trên tổng: trị giá hải quan + thuế nhập khẩu + phí bảo hiểm + cước vận chuyển. Đây là lý do cước vận chuyển cao ảnh hưởng trực tiếp đến tổng chi phí thuế của đối tác Nhật.

Tận dụng FTA để giảm thuế nhập khẩu

Việt Nam hiện có 6 lựa chọn FTA khi xuất khẩu sang Nhật Bản. Chọn đúng FTA và chuẩn bị đúng C/O có thể giúp thuế nhập khẩu giảm từ mức MFN xuống 0% với nhiều mã HS.

Lựa chọn	C/O cần	Ghi chú
MFN (WTO)	Không cần	Đương nhiên hưởng, không cần thủ tục gì thêm
GSP	C/O Form A	Ưu đãi dành cho nước đang phát triển
AJCEP	C/O AJCEP	FTA ASEAN – Nhật Bản
VJEPA	C/O VJEPA	Song phương Việt Nam – Nhật Bản, thường có thuế suất tốt nhất
CPTPP	C/O CPTPP	Đa phương, nhiều lộ trình cắt giảm sâu
RCEP	C/O RCEP	Đa phương, phạm vi rộng hơn CPTPP

Gợi ý thực tế: VJEPA thường cho thuế suất ưu đãi tốt nhất với hàng Việt xuất sang Nhật vì đây là hiệp định song phương, cắt giảm sâu và có nhiều cam kết riêng cho hai phía. CPTPP và RCEP phù hợp khi mã HS cụ thể có lộ trình cắt giảm thuận lợi hơn trong các hiệp định đa phương này.

Tại sao DN xuất khẩu cần quan tâm đến thuế nhập khẩu tại Nhật? Dù nhà nhập khẩu Nhật là người nộp thuế, mức thuế thấp hơn đồng nghĩa với chi phí tổng thấp hơn cho đối tác — từ đó DN xuất khẩu Việt có lợi thế thương lượng tốt hơn về giá bán và điều kiện hợp đồng.

C/O — thay đổi quan trọng từ tháng 5/2025

Từ ngày 05/05/2025, toàn bộ C/O (Giấy chứng nhận xuất xứ) phải xin tại Cục Xuất nhập khẩu, Bộ Công Thương. VCCI đã bị thu hồi quyền cấp C/O theo Quyết định số 1103/QĐ-BCT ngày 21/04/2025.

Điều này ảnh hưởng đến tất cả các loại C/O: VJEPA, CPTPP, RCEP, AJCEP, Form A. DN cần cập nhật quy trình nội bộ, đầu mối liên hệ, và thời gian xin C/O để tránh chậm trễ xuất hàng.

Bộ chứng từ xuất khẩu sang Nhật Bản

Dưới đây là danh sách chứng từ cần chuẩn bị cho một lô hàng xuất khẩu tiêu chuẩn:

Vận đơn (B/L hoặc AWB) — do hãng tàu/hãng hàng không cấp
Commercial Invoice (Hóa đơn thương mại) — thể hiện giá trị, số lượng, mô tả hàng hóa
Packing List (Bảng kê đóng gói) — chi tiết trọng lượng, số kiện, quy cách đóng gói
C/O (Giấy chứng nhận xuất xứ) — nếu hưởng ưu đãi FTA
Giấy phép nhập khẩu — nếu hàng thuộc nhóm hạn chế tại Nhật
Chứng nhận kiểm dịch / an toàn thực phẩm — bắt buộc với thực phẩm, nông sản, thực vật
Chứng từ cước phí và bảo hiểm (Freight accounts, Insurance certificates) — xác nhận chi phí vận chuyển và bảo hiểm hàng hóa
Statement giảm/miễn thuế — nếu áp dụng ưu đãi đặc biệt

Hồ sơ thiếu bất kỳ chứng từ nào trong nhóm bắt buộc đều có thể dẫn đến hàng bị giữ tại hải quan Nhật hoặc bị từ chối nhập khẩu.

Quy trình xuất khẩu từng bước

Đây là luồng xử lý thực tế mà DN cần nắm:

Xác định mã HS theo biểu thuế Nhật, không dùng mã HS Việt Nam
Kiểm tra hàng hóa có thuộc nhóm cấm/hạn chế không — liên hệ nhà nhập khẩu Nhật xác nhận giấy phép nếu cần
Lựa chọn FTA phù hợp dựa trên mã HS, tỷ lệ thuế và điều kiện xuất xứ
Chuẩn bị chứng từ xuất xứ để xin C/O tại Cục Xuất nhập khẩu (Bộ Công Thương)
Xin chứng nhận kiểm dịch/an toàn thực phẩm tại cơ quan chuyên ngành Việt Nam (nếu hàng nông sản, thực phẩm)
Khai báo hải quan xuất khẩu tại Việt Nam
Giao hàng cho đơn vị vận chuyển, chuẩn bị đầy đủ bộ chứng từ
Theo dõi thông quan tại Nhật qua nhà nhập khẩu hoặc đơn vị logistics

Tham khảo thêm quy trình tổng quát tại hướng dẫn xuất khẩu hàng hóa từ Việt Nam cho SME.

Checklist trước khi xuất hàng sang Nhật Bản

Sử dụng danh sách này như bước kiểm tra cuối cùng trước khi ký lệnh xuất hàng:

Phân loại và mã HS:

Đã tra mã HS theo biểu thuế Nhật (9 chữ số)
Đã xác nhận hàng không thuộc nhóm cấm nhập khẩu vào Nhật
Đã kiểm tra hàng có cần giấy phép nhập khẩu không

FTA và C/O:

Đã so sánh thuế suất giữa các FTA (VJEPA, CPTPP, RCEP, AJCEP)
Đã xác nhận hàng đáp ứng quy tắc xuất xứ của FTA được chọn
Đã xin C/O tại Cục Xuất nhập khẩu, Bộ Công Thương

Chứng từ chuyên ngành:

Đã có chứng nhận kiểm dịch/an toàn thực phẩm (nếu thực phẩm, nông sản)
Nhà nhập khẩu Nhật đã xác nhận có giấy phép nhập khẩu (nếu hàng hạn chế)

Bộ chứng từ hoàn chỉnh:

Commercial Invoice — đủ thông tin, đúng giá trị
Packing List — khớp với hàng thực tế
B/L hoặc AWB — đúng consignee, notify party
C/O — đúng form, đúng FTA được chọn
Chứng từ bảo hiểm (nếu điều kiện CIF/CIP)

Những lỗi phổ biến cần tránh

Dùng mã HS Việt Nam cho hàng xuất sang Nhật. Mã HS khác nhau từ chữ số thứ 7 — phân loại sai dẫn đến tính thuế sai, thậm chí bị điều tra.

Thiếu chứng nhận kiểm dịch với hàng nông sản. Hải quan Nhật không chấp nhận bổ sung sau khi hàng đến cảng — hàng sẽ bị trả về hoặc tiêu hủy.

Xin C/O sai đầu mối sau tháng 5/2025. Từ 05/05/2025, chỉ Cục Xuất nhập khẩu mới có thẩm quyền cấp — C/O từ VCCI không còn giá trị pháp lý.

Không so sánh thuế suất giữa các FTA. Cùng một mã HS có thể có mức thuế khác nhau giữa VJEPA, CPTPP và RCEP — không so sánh là bỏ tiền trên bàn.

Để đối tác Nhật tự chịu trách nhiệm toàn bộ thủ tục. DN xuất khẩu Việt hiểu rõ hàng hóa của mình hơn ai hết — chủ động cung cấp đúng chứng từ giúp tránh chậm trễ và xây dựng uy tín với đối tác.

Gateway Express đồng hành xuất khẩu sang Nhật Bản

Nhật Bản là thị trường đáng đầu tư nhưng đòi hỏi sự chuẩn bị kỹ lưỡng. Sai một bước trong hồ sơ hải quan có thể làm chậm trễ cả lô hàng và ảnh hưởng đến quan hệ với đối tác.

Gateway Express cung cấp dịch vụ vận chuyển hàng hóa đi Nhật Bản với đội ngũ am hiểu sâu quy định hải quan Nhật, hỗ trợ tư vấn chứng từ C/O và mã HS, và đồng hành xuyên suốt từ khi đóng hàng đến khi giao đến tay người nhận tại Nhật.

DN được tư vấn miễn phí về lựa chọn FTA tối ưu, xác nhận mã HS, và chuẩn bị bộ chứng từ hoàn chỉnh — liên hệ ngay để được hỗ trợ hoặc nhận báo giá vận chuyển đi Nhật.